โรงเรียนควนสุบรรณวิทยา เปิดสอนแบบสหศึกษา ในระดับมัธยมศึกษาตอนต้น เมื่อ พ.ศ.๒๕๒๓ โดยได้รับอนุมัติจากกรมสามัญศึกษา ได้เปิดทำการสอนโดยมี นายสุวัฒน์ ใจสมุทร เป็นครูใหญ่

ปีงบประมาณ ๒๕๒๕ โรงเรียนได้รับงบประมาณในการก่อสร้างอาคารเรียน ๒๐๘ จำนวน ๑ หลัง ๘ ห้อง

ปีงบประมาณ ๒๕๒๙ โรงเรียนได้รับคัดเลือกจากกรมสามัญศึกษาให้เข้าโครงการโรงเรียนมัธยมศึกษาเพื่อพัฒนาชนบท (มพช.๒) รุ่น ๔ ได้จัดสร้างอาคารเรียน CS ๒๑๗ B จำนวน ๑ หลัง โรงฝึกงาน ๒ หลัง ๓ หน่วย

ปีงบประมาณ ๒๕๓๓ กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้ง นายทวี สองสมุทร อาจารย์ใหญ่โรงเรียนพนมศึกษามาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนควนสุบรรณวิทยา

ปีงบประมาณ ๒๕๓๗ โรงเรียนได้รับอนุมัติให้เปิดสอนระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย

ปีงบประมาณ ๒๕๔๒ กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้ง นายสมคิด สีเปี้ยว ผู้อำนวยการโรงเรียนตาขุนวิทยา มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนควนสุบรรณวิทยา และได้สร้างหอประชุม ๑๐๐/๒๗ ในปีงบประมาณ ๒๕๔๔

ปีงบประมาณ ๒๕๔๖ กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้ง นายเฉลียว พุ่มช่วย อาจารย์ใหญ่โรงเรียนเขาแดงกุศลพิทยา จังหวัดสงขลา มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนควนสุบรรณวิทยา และปีงบประมาณ ๒๕๕๐ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

ปีงบประมาณ ๒๕๕๑ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาเขต 11 ได้แต่งตั้ง นายวัชรินทร์ เพชรเมือง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านช่องช้าง มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน เมื่อวันที่ ๒๕ มกราคม ๒๕๕๒ 

ปีการศึกษา ๒๕๕๕ นายวัชรินทร์ เพชรเมือง ผู้อำนวยการโรงเรียนได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบางสวรรค์วิทยาคม (๒๔ ธันวาคม ๒๕๕๖)

ปีการศึกษา ๒๕๕๖ นายสมพงศ์ เรืองศรี รองผู้อำนวยการโรงเรียนสตรีวัดอัปสรสวรรค์ สพม.เขต ๑ กรุงเทพฯ ได้มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

ปีการศึกษา 2561 ดร.สุชาดา ลิ่มสวัสดิ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนวัดประสิทธาราม สพป.สฎ. เขต 1 ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

ปีการศึกษา 2563 ดร.สุชาดา ลิ่มสวัสดิ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งรองผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุราษฎร์ธานี เขต 1 เมื่อวันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ.2563 

ปีการศึกษา 2563 นางมนัสชนก ทองชล รองผู้อำนวยการโรงเรียนท่าอุแทพิทยา ได้มาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนควนสุบรรณวิทยา ตั้งแต่วันที่ 25 มกราคม 2564

ปีการศึกษา 2565 นางมนัสชนก ทองชล ผู้อำนวยการโรงเรียนได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนท่าอุแทพิทยา เมื่อวันที่ 10 มกราคม พ.ศ.2566

ปีการศึกษา 2565 ดร.อรชพร มีพัฒน์ ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านเสด็จพิทยาคม ได้มาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนควนสุบรรณวิทยา ตั้งแต่วันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2566

โรงเรียนจัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น พุทธศักราช ๒๕๒๑ (ฉบับปรับปรุง พ.ศ.๒๕๓๓) และหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนปลาย พุทธศักราช ๒๕๒๔ (ฉบับปรับปรุง พ.ศ.๒๕๓๓)

ปีการศึกษา ๒๕๔๖ ได้ใช้หลักสูตรใหม่จัดให้มีการวัดผลประเมินผลผู้เรียนครบถ้วนตามระเบียบกระทรวงศึกษาธิการว่าด้วยการวัดผลประเมินผล คือมีการวัดผลก่อนเรียน หลังเรียน สอบวัดผลกลางภาคปลายภาค แฟ้มผลงานนักเรียน และพิจารณาจากการร่วมกิจกรรม นักเรียนที่สอบไม่ผ่าน ทางโรงเรียนได้จัดให้มีการลงทะเบียนเรียนซ้ำ จนนักเรียนเรียนจบหลักสูตร

ปีการศึกษา ๒๕๔๖ โรงเรียนได้จัดให้นักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๔ ได้ศึกษา ตามแนวปฏิรูปการศึกษาตามหลักสูตรสถานศึกษาเป็นครั้งแรก สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสุราษฎร์ธานี เขต ๓ เครือข่ายควนสุบรรณ ทุ่งเตา ลำพูน

ปีการศึกษา ๒๕๕๓ โรงเรียนได้จัดให้นักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๔ ได้ศึกษา ตามแนวหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑ ปัจจุบันโรงเรียนสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาสุราษฎร์ธานี ชุมพร สหวิทยาเขต     สุราษฎร์ธานี เขต 3 และใช้หลักสูตรสถานศึกษาตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 มาในทุกชั้นปี ในปีการศึกษา 2566